Родился в г. Иркутске в семье инженера-землеустроителя.
Окончил физико-математический факультет.
Окончил аспирантуру Томского госуниверситета.
Старший преподаватель, зав. кафедрой физики Якутского педагогического института.
Участник Великой Отечественной войны, политработник 16-й Воздушной армии, 8-й Гвардейской армии.
Организовал станцию космических лучей в составе Якутской научно-исследовательской базы Академии наук СССР.
Защитил кандидатскую диссертацию «Прецизионный регистратор космических лучей стационарного типа с автоматическим управлением».
Удостоен Сталинской премии за выдающийся вклад в изучение вариаций космических лучей.
Начал исследования в стратосфере и в околоземном космическом пространстве.
Директор космофизических исследований и аэрономии при Якутском филиале Академии наук СССР. (Открыт Распоряжением СМ РСФСР №3807-р 1962 г.)
Защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора физико-математических наук.
Работал главным научным сотрудником Института.
В 30-е годы он был одним из первых общественных инструкторов авиационного спорта в якутской организации “Осоавиахим”.
В 1936г. по его инициативе в Якутском пединституте были начаты работы по исследованию вариаций космических лучей с помощью самостоятельно изготовленной ионизационной камеры — электрометра.
Прошел боевой путь от Сталинграда до Берлина, награжден орденами Боевого Красного Знамени, Отечественной войны 1 степени, Красной Звезды и многими боевыми медалями.
Был дважды ранен.
Им опубликованы монография и более 170 научных работ, в том числе в зарубежных изданиях, он имел авторские свидетельства на изобретения.
Вел активную преподавательскую работу в Якутском государственном университете. Под его научным руководством 6 сотрудников Института стали кандидатами наук.
Был членом Президиума ЯФ СО АН СССР, заместителем председателя Совета по космофизическим исследованиям при Президиуме СО АН СССР, членом ОУС по физико-математическим наукам СО АН СССР, членом Бюро секции космических лучей Междуведомственного геофизического комитета при Президиуме АН СССР, членом Совета по научной проблеме «Космические лучи» АН СССР, членом межведомственного научного совета по космической метеорологии, членом Комиссии международного союза чистой и прикладной физики, членом Международной комиссии по солнечно-земной физике.
Избирался депутатом городского Совета, был ректором Якутского народного университета культуры, заместителем председателя Якутского республиканского общества «Знание».
Под его руководством был разработан ряд приборов для регистрации потоков заряженных частиц, нейтронов и рентгеновского излучения на баллонах и потоков малоэнергичных и многозарядных частиц на ИСЗ.
Полученный экспериментальный материал позволил подробно исследовать характеристики потоков и угловое распределение ионизующей и нейтронной компонент космических лучей в атмосфере и выяснить геофизическую роль потока альбедных заряженных частиц и нейтронов от земной атмосферы.
Был удостоен звания «Заслуженный деятель науки ЯАССР» (1957г.), «Заслуженный деятель науки и техники РСФСР» (1971г.), награжден орденом Трудового Красного Знамени (1979 г.).
В 2002 г. Институту космофизических исследований и аэрономии присвоено его имя.
У входа в Институт космофизических исследований и аэрономии на проспекте Ленина, №31 г. Якутска установлена мемориальная доска.
Памятник-бюст облицован мрамором, бюст бронзовый, стена мраморная. Периметр памятника составляет 14.76 мм. Площадь памятника – 12.84 кв. м.
Приказом Департамента охраны культурного наследия РС (Я) от 29.06.2017 г. № 157-ОД памятник-бюст Ю. Г. Шаферу включен в единый реестр объектов культурного наследия регионального значения.
